病毒從哪來?
Ed Rybicki 撰,虛懷若谷 譯,sw、wl 校
圖片出處:Phage T4
追溯病毒的起源是一項艱巨的工作。病毒不留下化石,而且善於在宿主細胞內玩出瘋狂自我複製的“伎倆”,某些病毒甚至能夠把他們的基因縫入被入侵的細胞內。在這種情況下,若要研究病毒起源,便需將病毒和宿主的演化史分開。更加雪上加霜的是,病毒的感染物件不僅僅局限於人類,他們幾乎能感染一切生命,從細菌到馬,從海藻到人類。
儘管困難重重,科學家們卻依然能根據種種蛛絲馬跡——主要基於病毒(如單核細胞增多症和皰疹的病毒)和細胞基因的相似性——拼出一些病毒的演化史。最初,這些病毒可能只是長片斷的細胞內DNA,隨後獨立於細胞,演化出病毒;另一種猜測是這些病毒早早便演化了出來,只是後來一些基因卡入了細胞基因中。一個不可忽視的事實是,一些人類病毒和細菌病毒居然有著類似的結構特徵,據此推測,這些病毒可能演化於幾十億年前,有著共同的祖先。另外一個關乎病毒溯源的重要事實是,現在的大部分病毒似乎是一塊拼縫物,由不同來源的基因混雜構建而成。
致命的埃博拉病毒(Ebola virus)和瑪律堡病毒(Marburg virus),以及親緣關係較遠的麻疹和狂犬病病毒,都只感染少量物種。由此可見,這些病毒應為新近演化而來,畢竟它們所感染的都是較新物種。很多“新病毒”可能於數百萬年以前起源於某昆蟲體內,在演化發展的過程中又通過昆蟲間的互動和捕食過程,具備了感染其他昆蟲物種的能力。
圖片出處:wiki - Ebola virus
圖片出處:wiki - Marburg virus
二十世紀三十年代開始肆虐於人體體內的愛滋病病毒是一種逆轉錄病毒。這些簡單的逆轉錄病毒與細胞內的一些能複製並插入細胞基因組的部件同源。很多病毒採用此種逆轉錄方式(與細胞內資訊傳遞方向相反)進行複製,此種複製機制很可能是聯通地球上初始生命和現代生命的橋樑。實際上,我們的基因裡也攜帶了很多逆轉錄病毒的“化石”,這些化石可能來源於遠古逆轉錄病毒對細胞的感染。相關資訊也可幫助我們瞭解人類的演化史。
也有一些病毒,由於其基因組過於龐大,科學家無法確定其究竟來源於細胞的哪一部分。例如,迄今發現最大的病毒mimivirus的基因組是愛滋病病毒的50倍,甚至大過一些細菌。令人意外的是,許多大病毒卻感染一些非常簡單的生命體,如變形蟲和海藻。此現象說明這些病毒應該有著古老的起源,其作為寄生生命形式逐漸演化出“病毒式生活”。此外,病毒還應該是演化,特別是高等生物體演化的顯著推動力。
但是,迄今為止,儘管獲取了很多病毒複製和感染的共性和特性,絕大多數病毒的起源恐怕依然會永遠的湮沒於歷史之中。
原文出處:Scientific American March 27, 2008
文章相關連結:生命科學線上
●延伸閱讀:
我推薦一本好書,書名 "Level 4 Virus Hunters of the CDC",中文 "第四級病毒"
節錄一段序分享給大家,我想這本書可以讓很多人認識到病毒與人類的關係,以及一場病毒學家與致命病毒的戰爭,跟看電影一樣過癮
"約瑟夫‧麥科明克與蘇珊‧費雪賀區這對夫妻,各自經歷過令其難忘的經驗。從對拉薩病毒的一連串調查、追蹤……,看見人們一個個死去,自己卻無能為力,到後續面對拉薩熱病肆虐,極力尋求治療方法;還有差點使自己感染第四級病毒 ─ 伊波拉病毒、及發現伊波拉病毒新毒株,深入非洲幾無人跡的叢林,探訪飽受病毒纏身的偏僻村莊;見識愛滋病毒的威力,使人類一一成為犧牲者,找出愛滋病毒傳播途徑,以及為愛滋病毒的歷史找尋源頭;發現「退伍軍人症」的新型傳
播途徑;親身至邊疆地區追尋「克里米亞剛果熱」的擴大之因……。

小記:
當初會有這本書是還在 BRC, Academia Sinica 擔任湯森林老師的助理最後一天,老師送我的當兵前離別禮物
(11.30.2005) 

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來杯咖啡吧~
牡羊座是汽水,既嗆辣又清涼,刺激你從舌尖到心臟。 得不得理都不饒人的牡羊,就像一隻焚火的公羊,永遠橫衝直撞。你要知道他語氣尖銳絕對是天生白目,他的心可比汽水般清澈善良。面對愛情和友情的邀約,他寧可選擇吆喝他去打球的朋友。他愛和朋友大聲說話痛快奔跑,可以吃肉喝酒,暢快淋漓的哈拉。因為不善言辭的他,總是容易得罪女孩子纖細的心思。他的自尊和自信像數不完的汽水泡,

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要寫這篇LaTex安裝教學,已經想很久了!只是遲遲未動手...從Mac OSX 10.4.9 Tiger開始拖到到現在OSX 10.5.3 Leopard才重新安裝,整理圖片po上來!!
廢話不多說,讓我們開始吧~
I.安裝LaTeX系統

OK!我們先到 CTAN download MacTeX.dmg (約700多MB,網路較慢的朋友可能需要花一點時間,建議可以先去預習一下LaTeX的語法!)

MacTeX.dmg 已於2007-12-1更新過!
download完後,直接解dmg即可
(double click icon這個大家都會吧!) 應該不用在特別講解!!
接下來就會出現安裝畫面啦~
hmmm~ 很簡單的next,next,next
你可以到自訂安裝看看內容,有些可以不安裝,不過 TeXLive-2007是一定要裝的(如果不裝,我也不知道你等等怎麼執行LaTex...),所以建議全裝
OK!安裝的時候就等啦!(喝杯茶,上個廁所...很快就好了)
真的快~好厲害!
安裝完 MacTeX表示你已經完成1/3了,接下的1/3我們就來測試與執行一下LaTeX吧!!
II.簡單的測試LaTeX
先到系統偏好設定,檢查一下在其他的項目中是否有增加了一個新 icon "TeX Distribution"
在 /Application中也可找到 TeX的 Floder
Floder內裝有 TeXShop (版本是 2.1.4),Excalibur (拼字檢查器),BibDesk (v1.3.1),LaTeXiT等應用程式
執行 TeXShop,鍵入下面文字
\documentclass[12pt]{article}
\begin{document}
This is a test.
\end{document}
輸入完後,按下 typeset,會跳出 console
如果有錯誤,在會在console Tex Messages show出哪邊有問題,可以debug
結果會以 pdf的方式 show出,OK!我們又完成1/3了
這時候我們可以作一些簡單的編輯,在介紹一個中文的"飯粒",步驟也是跟上述的一樣,將下面的 code輸入
%!TEX encoding = UTF-8 Unicode
\documentclass[12pt]{article}
\usepackage{CJKutf8}
\begin{document}
\begin{CJK}{UTF8}{bsmi}
This is a test. 中文字測試。
\end{CJK}
\end{document}
我們可以在 console看到 CJK UTF8 Unicode的一些路徑訊息(目前這個可以不要管它,我們只要看有無 error message就好)

如果 CJK套件以及中文字型都沒有問題的話,排版出來的結果 "This is a test.中文字測試",這裡常會遇到的問題是沒有把 TeXShop的預設文字編碼設成UTF8;所以,為了一勞永逸,不用在每次的文稿第一行都加上 %!TEX encoding = UTF-8 Unicode,請到TeXShop 的偏好設定裡把預設文字編碼設成 UTF8


III.測試XeTex 節錄一段說明:
目前TeX Live 2007 已經把
XeTeX納入,與之搭配的 fontspec套件也是。所以裝完 TeX Live 2007後可以直接使用。原先只適用於 Mac OS X 上的中文 LaTeX方案,現在已經移植到 linux 平台、MS Windows 平台的TeX (拜 TeX Live 2007 之賜)。可以直接使用作業系統裡的任意字型,不需裝設額外的字型描述檔,直接在TeXShop 裡以 unicode寫作多國語言文稿。如果要與他人交流文稿,雙方的字型名稱須一致。底下這個範例,部份參考了 oikos 裡的討論,部份參考了網友 jjgod 關於 XeTeX 的網頁

OK!我在來試一下 XeTeX的"飯粒",看看結果會如何

%!TEX TS-program = xelatex
%!TEX encoding = UTF-8 Unicode
% XeLaTeX 測試範例
% 以上是設定使用 XeLaTeX 編譯,並內設 unicode 編碼,以便 TeXShop 自動辨識
\documentclass[12pt]{article}
\usepackage{fontspec}
% XeTeX 配合 fontspec 時,字形非常容易設定
\setromanfont[Mapping=tex-text, %
Ligatures={Required,Common}, %
ItalicFont={Times Italic}, %
BoldFont={Apple LiGothic Medium}]%
{BiauKai}
% 預設字形:這裡設內文為標楷,
% 沿用 latex 的一些標點的轉換,如 en-dash 以兩個減號表示,
% 如果此字型檔裡有 ligatures 的定義,則啟動
% 斜體字以 Times Iatlic (只有英文有斜體)
% 粗體字以黑體字表現
% 此為 fontspec 套件的指令
\setmonofont[Scale=0.8]{AppleGothic Regular}
% 設定等寬字形
\XeTeXlinebreaklocale "zh"
\XeTeXlinebreakskip = 0pt plus 1pt
% 讓中文正確斷行的設定
\newfontinstance\rmfont{Times}
\newcommand{\nc}[1]{{\rmfont #1}}
% 在中文裡用英文字體顯示英文的命令
% 詳見底下的範例
\begin{document}
自此,就是內文了。可以自由的使用。
我們再來試試換預設字形的方法:只在大括號內局部之字串有效。
{
\fontspec{Hiragino Mincho Pro W6}
% \fontspec 用法和前面預設字形之 \setromanfont 一樣,只是可更自由地使用
這是用日文字形的測試。只要打正常中文即可。可能會缺字就是了。
}
再來就回到正常字形,就用正常 \LaTeX\ 的寫法使用就行了。
如果,在中、英文夾雜時,英文想用不同的字型,則可以使用開頭時定義的 nc 指令
\nc{This is Times font. The ‘field’ contains ligatures.}
應該與中文字型裡的英文字不同:
This is Chinese font. The `field' does not have ligatures.
\end{document}
<注意>在 Typeset旁原本是設定 LaTeX,我們現在要做的是 XeTex,所以要改成 XeTex或 XeLaTeX

console部分,我們就暫時先不管

測試結果很漂亮,show出剛剛編輯的內容

其實,剛剛都是牛刀小試,LaTeX真正強大的是編輯數學公式
讓我們再試一下下面的code

\begin{equation}
f(x,y)=\frac{3(x+y)y}{(2xy-7)}
\end{equation}


執行的結果,一個漂亮的數學公式就這樣誕生了


師父引進門,修行在個人,我們現在已經完成了2/3,最後的1/3就是練習的功力了,數學教育的一些想法的LaTex寫作幫助大家來學LaTex 這兩個網站有很多數學公式的教學及一些編輯的技巧,還有如果有些人是需要用到中文編輯的,請詳細參閱"如何在 Mac OS X 上裝設 LaTeX 以及 CJK 套件 (TeX Live 2007)"的TrueType中文字型安裝篇(因為我用英文編輯比較多,所以中文部分我就不在多做介紹)
其實我也算是的LaTeX新手,如有相關問題請留言或PM給我,歡迎大家互相切磋交流

ps.本編文章撰寫,主要參考"
如何在 Mac OS X 上裝設 LaTeX 以及 CJK 套件 (TeX Live 2007)"

相關資源連結:
1.
如何在 Mac OS X 上裝設 LaTeX 以及 CJK 套件 (TeX Live 2007)
2.
旺旺的LaTex講座
3.
大家來學LaTex
4.
數學教育的一些想法的LaTex寫作幫助
5.
OIKOS LaTex相關討論版
6.LGJ Fonts Notes
7.
MacTex Package Details
8.
Chinese TeX Using the CJK LaTeX Package, Unicode TrueType Fonts and pdfTeX under Windows
9.
MyCJK
 

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下面這則短片真的說明"老外"看亞洲人,真的是台灣人、日本人、韓國人傻傻分不清楚...

哈!老外你被嚇到了嗎!!  是

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好美的詩,我想,真的感動了!
記得
你如果
如果你對我說過
一句一句
真純的話
我早晨醒來
我便記得它
年少的歲月
簡單的事
如果你說了
一句一句
淺淺深深
雲飛雪落的話
關切是問
而有時
關切

不問
倘或一無消息
如沈船後靜靜的
海面,其實也是
靜靜的記得
倘或在夏季之末
秋季之初
寫過一兩次
隱晦的字
影射那偶然
像是偶然的
落雨...也是記得

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05.23.08 pm16:00
5月22日也就是上上周,Dieter的MSN狀態"甜蜜的家,寧願讓我照顧你一輩子嗎 ";當大家還沒仔細注意到的時候,明眼人的子元學長,一早就傳來好消息!!打算對Dieter做一番質詢!不過,對早有準備的Dieter來說,也早已經準備好昭告天下,於5月23日下午與女主角在Lab召開 "YES, Dieter!! press conference"
hmmm~甜蜜的求婚,於是大家很有默契的馬上就改了MSN狀態 "YES, Dieter!!"
註:男主角(Dieter)、女主角(家寧 Tiffany)

有圖為證MSN大會串 "YES, Dieter!!"

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昨晚去聽孟庭葦的演唱會,這是亞亞在台灣的第一場售票演唱會,18年來首度開唱,也是我25年來第一次買票去聽的演唱會;一開場一口氣就連唱「冬季到台北來看雨」、「誰的眼淚在飛」、「風中有朵雨做的雲」三首招牌歌,真是讓我聽的超感動。

演唱會在場的都是五、六年級生居多,或是全家福(爺爺、奶奶、爸爸、媽媽小孩全到齊的那一種),但是我也是有看到少數像我一樣的七年級生來聽這場難得的演唱會(我是七年二班的)
(小插曲:在我決定買票之前,我試著慫恿一些人,一些好友們有沒有興趣跟我去聽這場演唱會,可惜大家興致缺缺,哈~沒人像我這樣滿腔熱情...不過一個人去聽也滿不錯的!)

下面我節錄一下段報紙上所寫的
孟庭葦因為在民歌餐廳被發掘,對民歌有深刻感情,今晚也特地準備「民歌組曲」,演唱「娃娃的故事」、「雨中的故事」、「小茉莉」和「海裡來的砂」,讓歌迷重溫民歌歲月。擔任嘉賓的邰正宵,今晚和孟庭葦合唱「兩邊」,第二位嘉賓是林隆璇,孟庭葦說,林隆璇是她學生時期的「白馬王子」,兩人合唱「流言」,隨後林隆璇獻唱「為愛往前飛」和「你那麼愛她」。

也許是因為我之前專科參加社團的關係,接觸了很多民歌,然而這些歌曲也是伴我長大的,所以我對民歌有一種獨特的情感,反而身邊的好友都會問,Philippe你確定你不是六年級生嗎!為什麼許都老歌你都能朗朗上口,哈~畢竟這些歌曲都是我成長的回憶呀!
這場音樂的饗宴真的是太棒了,短短的3個小時30首歌帶給我一場無比與歷久彌新的感動!
ps.最大遺憾忘記帶相機
分享一下經典歌曲
風中有朵雨做的雲誰的眼淚在飛冬季到台北北來看雨
日以繼夜的想妳往事無聲的語
   

回味,1991年的你看你看月亮的臉

1993年亞亞上金曲龍虎榜的橋段(有張雨生...滿好笑的XD)

演唱會曲目:
開場 風起雲湧
1.風中有朵雨做的雲
2.誰的眼淚在飛
3.冬季到台北來看雨

4.日以繼夜的想你
5.無聲的雨
6.化身為海
7.沒有情人的情人節

第二階段 純真年代 
8.心電感應
9.傷了你的心的我傷心
10.羞答答的玫瑰靜悄悄地開2005

11民歌組曲(4首)
娃娃的故事
雨中的故事
小茉莉
海裡來的沙

嘉賓(一)邰正宵 
12.兩邊 合唱
13.我不配
14.愛上我或是離開我

第三階段 知性熟女 
15.春雪
16.真的還是假的
17.白天的星星
18.手語
19.愛情的真相

嘉賓(二)林隆璇 
20.流言 合唱
21.為愛往前飛
22.你那麼愛他

第四階段 愛心公益 
23.心經
24.紅花
25.找一個人 
26.幸福感

嘉賓(三) 張彧

第五階段 感恩謝幕 
27.你看你看月亮的臉
28.第二道彩虹
29.往事
30.靜靜生命慢慢的河


相關連結:
Mobile01
畫與文字
台灣瘋演唱會歌手回顧4-孟庭葦
YouTube相關MV
月亮祕密花園
孟庭葦彩色夢台北演唱會

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這是我目前看過最有創意的Mac music video
我只能說,"創意無敵"呀~

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哈佛大學分子與細胞系的學生和Xvivo動畫製作公司,合作的影片-The Inner Life of the Cell
內容是白血球如何感覺周圍環境,並對外部刺激迅速做出回應,動畫做得很細膩
(上面這部動畫是沒有說明的部分,如要聽說明,請點選下面連結)

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科學方法的步驟:
一、說明問題
二、假設引起問題的原因
三、設計實驗以便測試每一個假設
四、預測實驗結果
五、觀測實驗的結果
六、根據實驗結果得出結論
一個實驗永遠不會因為沒有達成預測的結果而算失敗
只有當這個實驗無法有效測試你的假設時,才算是失敗
換句話說
當實驗數據不能在證明什麼的時候算失敗
by "The Idea Factory: Learning to Think at MIT"
ps.切記,任何事都有例外,例外中還有例外!! <給自己的備註>

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Mobile01-我愛吃蘋果上,分享了一個新軟體大家都來試試
EVERNOTE是個非常好用的筆記本軟體『隨手記錄,隨手查看』真的很方便!
看完下面的短片,你會發現它的威力 ^^

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我的學思歷程
時 間:民國八十七年五月二十一日 晚上七時至九時
地 點:國立台灣大學思亮館國際會議廳
主講人:李遠哲院長

        我到柏克萊加州大學時,1962年你們可能也知道當時柏克萊大學是學運鬧得最厲害的地方,他們主張言論自由而有很龐大的示威活動。當時我以一個外國學生的身份來看柏克萊的學生,為了理想而做奮鬥的精神的確令我留下了深刻的印象。他們為了理想為了正義願意付出很大的代價做這些事情,當然對我這個科學家來講,最好的事情是離開台灣來到這裡沒有親戚、朋友,我跟我的未婚妻兩個人在柏克萊那裡唸書,才突然發現所有的時間都可以拿來做實驗,這個是真的以前所沒有想像到的,以前在新竹在台北總是有一些朋友來找你聊天,或是有一些婚喪喜慶的事情來把你拉開。但是到加州大學的這幾年,才發現自己是真正屬於實驗室裡,而不屬於社會的人。
        而在那個實驗室裡面真正看到懂科學的人,很多教授真的是對學問滿懷著非常大的熱忱,真想知道一些事情、真想走入未知的世界找些新的東西。所以我在柏克萊的那幾年的確像是如魚得水一般,因為在柏克萊到現在為止,還是相信一個人會一直需要的東西,才是真正的東西,才是學得最快的,所以他們還是相信為了這個研究而學。所以我到柏克萊為了做研究而到機械工廠去學車床,很多電子方面的技術學了不少。那一陣子我因為剛從台灣到美國所以對很多事情的看法還是很不習慣的,就說我第一次要用的化學試劑,為了省十五塊美金我花了一個週末的時間在實驗室用很繁複的手續把它做出來。禮拜一拿到教室教授看了還覺得非常不可思議,我就告訴他:「我在清華當研究生的時候,一個月拿的薪水就是這十五塊美金。所以一個週末我可以幫你省十五塊美金,這不是很好嗎?」那個教授馬上就拍著我的肩膀跟我說:「我有很多錢,不要為我省這十五塊錢。」
        那一年其實我找指導教授的時候,起初剛到美國的時候聽說化學界有四位很傑出的年輕人,在柏克萊的就有一位,於是我就下定決心要找這位教授做研究。可是他當時已經收了很多學生並不鼓勵我跟他做,於是我就找了另一位MAHAN教授做,他是寫過大學普通化學課本的一位教授,我跟他做研究工作,他確實是很不一樣的,他給我一個題目之後,第一個月我還常常回到他的辦公室,問他這個問題是這麼解決嗎?怎樣做比較好?他老是說:「遠哲,如果我知道的話,早就解決了!我知道的話,為什麼要讓你來做呢?所以他就說你自己想想吧!」所以我頭一個月是很不習慣的,問他什麼他都說不知道,我總覺得這個教授是什麼都不懂似的。這是我人生的第二次大徹悟,第一次是在中學生了一場大病之後,第二次則是在跟了這位教授作了一個多月的實驗之後,我覺得人生沒有什麼是可依靠的,除了家裡的老婆是可以依靠的以外,在作學問上完全是要靠自己解決的。當然後來也知道其實當一個人所做的研究工作是到世界的最前緣時,即將由未知走入未知的世界時,他的確是不曉得。所以我後來也在想,你如果跟一位老師作研究,你問了很多問題老師都說:「我怎麼曉得?」你要好好問清楚自己,這個老師是太懶惰,所以什麼都不曉得嗎?還是他的知識已經推到人類的最前緣,他知道什麼事情是知道的,而什麼事情是不知道的,而這些老師是好的老師。
        如果一個老師在剛開始的時候就叫你明天作這個,後天作那個,下個禮拜作這個,好像把你當作他的兩隻手來用似的,那他可能就不是很好的指導教授。所以我跟他作了兩年多,解決了一些問題,他原先構想的事情也不對,我們找到了新的實驗手段,作了一些研究工作,兩年過了之後有一天他就問我:「遠哲,你博士修完之後,想作什麼?」我覺得跟他在這兩年當中也沒學到些什麼,博士論文只有七十多頁,都是一些靠自己所摸索出來的東西,他只是簽個名就讓我拿到博士學位,於是就想繼續留下來作一些博士後的研究。在博士後的研究工作當中,我倒是學了不少東西,接觸了很多新的儀器、設備,好像轟轟烈烈的作了一陣子的研究工作。MAHAN教授從英國度假回來之後,我告訴他我還是想繼續到別的地方去作博士後的研究,他便鼓勵我說:「當初你不是想跟HERSHWARD教授作研究嗎?他現在已經到哈佛大學去了,你何不到哈佛大學去找他繼續作博士後的研究工作呢?」因此我便決定繼續到哈佛大學作研究。

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